Первое десятилетие после 1917 г. обозначенное ростам количества и активности баптистов Украины, а также их стремлением к национальному самоопределению своего братства. 1-8 октября 1918 г. в Киеве состоялся И Всеукраинский съезд баптистов. Однако через гражданскую войну Всеукраинский союз баптистов образовался лишь на II Всеукраинском съезде (1921, Єлизаветград). В 1922 г. в Киеве, в 1925 и 1928 pp. в Харькове состоялось еще три съезда. их решения касались преимущественно укрепления национального союза, подготовки кадров проповедников из местного населения, создание библейских курсов, устройство типографии для выпуска духовной литературы на украинском языке. С 1925 г. Союз выдавал журнал «Баптист Украины» с украиноязычными страницами и серию украинских брошюр. В 1925 г. ко Всеукраинскому союзу входило 40 тыс. баптистов; в 1928 г. в Украине их насчитывалось 60 тыс. В 1927 г. было зафиксировано 15 % - не рост количества общин. Союз имел национальные секции (немецкую, например). В 20- 30-х годах действовала молодежная организация - бапсомол («Баптистский союз молодежи»).
Активной была религиозная пропаганда. ее орудием в 20- 30-х годах XX ст. стали журналы «Баптист Украины» и «Писланець Правды» (в Западной Украине). Видное место в деятельности общин до 1929 г. (в Западной Украине - до 1939 г.) занимало религиозное образование молодых украинских баптистов. Они учились на ленинградских Библейских курсах, в богословской семинарии в Лодзи, на Библейских курсах в Москве (в 1927-1929 pp.). Выпускники этих закладов организовывали курсы и кружки во многих местах Украины.
Украинский баптизм тогда вже имел основные признаки церковного института: руководящие органы (съезд, правление), синодально-пресвитерианський устройство та систему подчинение (общины - старшие пресвитеры регионов - правление), общие для всех символ веры и устав, крепкую дисциплину, упроченную культовую практику, миссионерство.
Пятый съезд в Харькове (1928) был последним. Появление в 1929 г. антидемократических законодательных актов, которые окончательно утвердили государственный атеизм в СССР, положила начало новому этапу государственных притеснений баптистов, особенно в Украине. Лидеры Всеукраинского союза испытать репрессий. На протяжении 30-х лет организационные структуры баптизма в Украине были истребленные. Большинство общин прекратило существования, верующие должны были перейти на нелегальное состояние. Такая же судьба постигла украинских евангельских христиан, чей республиканский Совет входил во Всероссийский союз евангельских христиан.
Лишь в 1943—1944 pp. вследствие изменения партийно-правительственного курса относительно религии и церкви началось восстановление организационных структур баптистов и евангельских христиан. В результате их объединения в 1944 г. был образован Союз евангельских христиан-баптистов, к которому со временем (в 1947 и 1954 pp.) пристала часть пятидесятников и братские меннонити (в 1963 p.). Единой организацией руководил Всесоюзный совет евангельских христиан-баптистов (ВР ЄХБ). Выдавались журнал «Братский вестник», церковные календари, библейская литература и религиозно-учебные пособия. Союз ЄХБ входил во Всемирный совет баптистов и Всемирного совета церквей. На 90-начала х лет он объединял около 300 тыс. верующих СССР в 2500 общинах. За оценкой исследователей, Союз ЄХБ создавался определенной мерой на политической основе, по принципу благонадежности. Его компромиссная позиция способствовала, очевидно, давлением государственных репрессивных органов. Союз ЄХБ был средством легализации деятельности баптистов, пятидесятников, братских меннонитив. Вместе с тем Союз ЄХБ стал фактором дестабилизации протестантизма, отдельные течения которого не подвергались унификации. Политические изменения в СССР заострили внутренние разногласия в объединении. В конце 80-х лет Союз фактически оставили братские меннонити. С 1989 г. оттуда выходили п'ятидесятницьки общины; этот процесс был массовым и в Украине.
В 1961 г. группа баптистских общин отделилась от ВР ЄХБ, критикуя последнюю за компромиссы с властью и требуя расширение религиозных свобод. Новая структура — Совет церквей ЄХБ — отличалась жестко отрицательной позицией относительно государственной регистрации общин и активной миссионерской деятельностью, в том числе на местностях Украины. Приверженцы РЦ ЄХБ требовали свободы религиозной пропаганды и миссионерства, права на организованное религиозное обучение и филантропическую деятельность. Нелегальное издательство «Христианин» выпускало газету «Вестник истины», бюллетене. Совет церквей был нелегальной организацией, литература конфисковувалася, лидеры и верующие подвергались репрессиям. Деятельность РЦ ЄХБ представляла своеобразную форму выявления религиозного фундаментализма в отечественном баптизме; в политическом аспекте - форму правозащитного движения. Следствия прищепа 1961 г. были в основному преодоленные лишь в 90-х годах, при условиях легализации религиозной жизни в независимой Украине.
Евангельское христианство-баптизм на протяжении всех советских десятилетий оставалось объектом найинтенсивнишой антирелигиозной пропаганды и административных притеснений. Найзавзятише режим боролся с «нерелигиозной деятельностью» (культурно-просветительской, филантропической). Репрессии и эмиграция после 1929 г. большинства лидеров баптизма в Украине снизили образовательный и культурный уровень братства. В послевоенный период баптисты Украины восстанавливали систему образования и подготовки кадров. Но неофициальные ограничения относительно обучения протестантам в советских вузах, невозможность открытия собственных учебных заведений чрезвычайно усложняли эту задачу. Подготовка кадров долго продолжительная в подполье; лишь с 1968 г. в структуре Союза ЄХБ восстановили деятельность Библейские курсы в Москве. Часть руководителей Союза в 70- 80-х годах с помощью международных баптистских организаций училась за границей (Германия, Швейцария, США).
На 90-начало х лет в Украине было свыше 100 тыс. верующих евангельских христиан-баптистов в свыше 1200 общинах, преимущественно в структуре Союза ЄХБ.