В СССР религиозным организациям запрещалась любая позарелигийна активность, а также серьезно ограничивалась деятельность собственное религиозная. Вместе с тем государственная пропаганда систематически предъявляла обвинение верующим в пассивности, религиозные же общины - в изоляционизме, экстремизме, вражеском отношении к советскому порядку.
Вследствие этого большая часть христианских ячеек разных конфессий (преимущественно греко-католики и протестанты) не принимала антидемократическую политику власти, которая делала невозможным свободу совести в стране. В довольно разветвленном подполье, которое и вдобавок имело выход за границу, с 40-х лет действовали ячейки официально ликвидированной в Украине Греко-католической церкви. В православии существовала «катакомбная церковь», оппозиционная полуогосударствленному Московскому патриархату.
В течение 50— 60-х лет постепенно сформировалось религиозное подполье в протестантизме. Кроме зарегистрированных, «законных» общин и руководящих структур, действовали нелегальные. Сюда входили часть лидеров и верующих общин евангельских христиан-баптистов, пятидесятников, а также все адвентисты-реформисты и свидетели Єгови. Протестантское подполье в Украине за разнообразием и количеством верующих не уступало легальным ячейкам. Оппозиционные проявления религиозности официальная пропаганда обозначала понятием «религиозный экстремизм».
Очевидно, это подполье и то, что называли «религиозным экстремизмом», было спровоцированное действиями власти и представляло вынужденную форму сохранения религиозной идентичности и борьбы за религиозную свободу. Так, «Инструкция» 1961 г. (она была тайной, «для служебного пользования») содержала перечень религиозных общин, лишенных права на регистрацию. Официальное отношение к членам общины определялось их лояльностью или враждебностью к законодательным актам и политики власти.
Искусственная порванность религиозных сообществ за признаком «лояльности - враждебности», в свою очередь, служила причиной общественную дезинтеграции, отрицательные процессы в жизни христианских конфессий. Происходила дезинтеграция в некоторых конфессиях, преимущественно протестантских (прищепы, появление группировок, размежевание рядовых верующих). Провоцировалось усиление антиобщественных расположений духа в протестантскому и греко-католицько-му среде. Снижались общественная активность верующих, их образовательный, культурный, профессиональный уровень, возрастал изоляционизм относительно нерелигиозного окружения.
Принадлежность к нелегальной общине лишала верующего достойного общественного статуса, но и принадлежность к зарегистрированной общине делала этот статус декларативным. Верующему, который манифестировал свою религиозность, тяжело или невозможно было достать высшее образование, руководящее должность, высокий профессиональный разряд, благодарность и справедливое вознаграждение за работу. Разрыв между зарегистрированными структурами и религиозным подпольем постоянно подкармливал эмигрантские расположения духа, в частности среди протестантов. По мнению исследователей, эти расположения духа сохранились и по сей день.