В Украине ведет свою историю от домашних лютеранских общин немецких поселенцев середины XVIII ст. 1765 г. к Киеву как учитель для семьи немца-аптекаря прибыл пастырь Христофер Лебрехт Грааль, который начал править Богослужение в такому домашнем приходе, к которому приобщились многочисленные немцы-лютеране со всего Киева.
В последней четверти XVIII ст. началась активная колонизация Северного Причерноморья иностранными поселенцами, среди которых значительную часть представляли немцы-лютеране. На середину ХИХ ст. их начислялось около 500 тыс. лиц.
Тем не менее вследствие 30-репрессий х гг. НЄЛЦ фактически прекратила свою деятельность: общины были закрыты, храмы истерзаны или уничтожены, а большинство пастыри арестованы и ликвидировано. Во время ИИ мировой войны и после ее завершения немцев Европейской части СССР было почти полностью выдворено к Казахстану и Сибири. 1957-1958 гг. им разрешено регистрировать религиозные братские общины в ссылке, но в дальнейшем запрещено восстанавливать структуру Церкви.
Возрождение НЄЛЦ началось на волне 1000-празднование лиття крещение Руси в 1988 г. В Украине возникают новые немецкие лютеранские общины. Основой для создания первых общин в Украине стали национально-культурные общества немцев в Льве, Одессе и других городах. Центром епархии НЄЛЦ постоянная Одесса, а центральным собором Украинской епархии – кирха св. Павла. 1993 г. НЄЛЦ получила регистрацию государственной власти Украины.
12-14 сентября 2000 г. состоялся очередной Синод НЄЛЦУ, на котором утвержден новый устав Церкви. Новым президентом избран пастор Владимира Лесного из Феодосии, епископом – пастора Едмунда Ратца, а его заместителем – пастора Николая Бендуса с Львова. С 1993 г. в Одессе действует Духовная семинария НЄЛЦУ. В НЄЛЦУ принятое персональное фиксированное членство с членскими взносами в пользу Церкви. Сегодня общины НЄЛЦ действуют практически во всех регионах Украины.
В НЄЛЦУ есть 36 общин, которые обслуживает 30 служителей. Действует 17 воскресных школ.