Первые общины баптистов появились среди колонистов (преимущественно меннонитив и штундистов) благодаря проповедям миссионеров И. Онкена, А. Либига, К. Бенцина, которые уже в 50-х годах XIX ст. приезжали к Украине. В 1861 г. водное крещение принял от баптистов меннонитський пастор из Хортицы Г. Вилер. 1862 г. он окрестил А. Унгера, который возглавил течение братских меннонитив, которая максимально приблизилась к баптизму. С этими именами связанное возникновение баптизма среди украинцев: в октябре 1863 г. Вилер окрестил в Днепре крестьянина Матвея Сабуленка. В 1865 г. Унгер окрестил штундиста Ефима Цимбала и мещанина Якова Саранчу. Под влияние баптизма попали проповедники из немецких колоний Єлизаветградського уезда - Е. Прицкау, И. Прицкау, Ф. Енгель.
Официальной датой начинания «местного» баптизма в Украине считается 1867 p., когда под влиянием Ю. Цимбала водное крещение за баптистским обрядом приняли бывшие штундистськи руководители с с Карловки Трифон Хлистун и Иван Царенко, которые образовали здесь первую группу единомышленников. В 1870 г. Цимбал окрестил штундистов с. Любомирки Ивана Рябогиапку, Петра Гриву и Якова Тарана. Баптистские общины Карловки и Любомирки в 1870 г. насчитывали уже около 70 верующих.
Этого же года начали действовать баптистские ячейки еще в 11 селах Єлизаветградського уезда. В 70-х годах баптизм, подготовленный предыдущими влияниями, распространился во многих населенных пунктах Левобережной и Южной Украины. В конце 70-х лет баптистские общины возникли в Херсонской, Киевской, частично - в Подольской, на 80-начала х лет - в Таврийской, Катеринославський, Черниговской, Полтавской, Харьковской губерниях. Уже в 80-х годах XIX ст. на смену радикальным, но неоформленный идеям и группировкам - штундистов, меннонитив, реформатов, лютеран - пришло унифицированное баптистское учение и разветвленное євангельсько-баптистське братство.
Первые баптистские съезды в Украине происходили в тесном союзе местных верующих из значительно организованишим немецким братством. Так, в 1882 г. в колонии Рюккенау Таврийской губернии прошла общая конференция немецких меннонитив и баптистов, украинско-русского баптистского братства и украинских штундистов. Конференция создала миссионерский комитет, к которому от украинцев вошли М. Ратушный, И. Рябошапка, Г. Кушнеренко, от россиян — В. Павлов. В 1884 г. на съезде в с Нововасиливци Таврийской губернии был создан Союз баптистов Южной России. Украинско-русское баптистское движение, становясь численнишим и организованишим, постепенно вышел из-под немецкой опеки. Так, если в 1884 г. главой Союза баптистов избрали Г. Вилера, то в 1886 г. - россиянина Мазаєва, выходца из молоканин. Значительный процент в руководящем составе организации представляли украинцы. Деятельность Союза направлялась преимущественно на местное население.