Среди нерешенных проблем, которые касаются отношений с государством, руководство разных конфессий отмечает:
– проблемы налогообложения религиозных организаций, отсутствие льгот;
– трудности с возвращением культовых сооружений и имущества; с получением гуманитарной помощи
– осложненный доступ местных церквей к СМИ, особенно электронных;
– вмешательство политиков в религиозную жизнь;
– экспансия иностранных миссионеров.

Существует также целый ряд проблем, которые повышают уровень конфликтности в христианской среде к общенациональному масштабу. Это такие проблемы, как
– раскол в православной среде,
– конфликт между юрисдикциями;
– православно-греко-католицький конфликт;
– противостояние между традиционными для Украины («местными») конфессиями и новообразовавшимися религиозными организациями, общинами заграничного происхождения, новыми религиозными движениями;
– политизация религиозной жизни.