26 июля 1675 г. умер митрополит Тукальський, и на его место сразу появилось несколько кандидатов, но ни один из них не стал Киевским митрополитом — виплив неизменный Лазарь Баранович, который снова стал мистоблюстителем, уже вплоть до 1685 г.
В Украине властвовала тогда полная руина, и она, собственно, не давала возможности московскому правительству решительно взяться за дело присоединения Украинской Церкви. В конце концов обнаружились эти люди, которые таки добили такого бесконечного торга за Украинскую Церковь, — это были гетман украинский Иван Самойлович и патриарх московский Аким.
Во времена Руины на большому левобережному просторные много мост, городков и сел было разрушено. Вместо белых чистых жилье остались груды пепла и ободранные черные дымовые трубы. Гетьман Иван Самойлович активно искал материальной поддержки от Московий, вследствие чего все более глубже залезал в кабалу. Украинская Церковь нередко выступала против такого "неравного" сближения, не ожидая от него ни одного добрая, а разве что ограничение собственных прав и привилегий. Гетьман понемногу отстранял "неспокойное" духовенство.
В 1683 p. умер архимандрит Киево-Печерской лавры (с 1656 p.) и управляющий лаврской типографии Иннокентий Гизель - "муж знатный, учительный", который начал защищать интересы Украинского государства еще во время переговоров Чигирина с Москвой в 1654 г. Его трактат "Мир с богом человеку" (1669 г.), в котором содержалось много сведений из истории Украины XVII ст., имел гуманистическую направленность и содержал довольно критический анализ современных автору событий. За это в 1690 г. произведение было запрещено Синодом.
Самойлович и некоторые другие приверженцы подчинения украинской Церкви московской патриархии, в частности патриарх Аким, стремились на место архимандрита назначить "свою" человека. Тем не менее избранный свободными голосами Варлаам Ясинський не справдив их ожиданий: вместо посвяти в русской столице он поспешил принять ее из рук черниговского архиепископа. И со временем Ясинський не изъявлял желание ехать к Москве, чтобы там утвердили его избрание. Впрочем, не имея возможности износиться с константинопольским патриархом, он спустя некоторое время вынужденный был уступить.
2. Присоединение украинской церкви к московскому патриархату.
В феврале 1685 г. царское правительство побуждало Самойловича к спешному проведению новых выборов киевского митрополита. При этом от властителя булавы требовали, чтобы в дальнейшем православной Церкви в Украине власть константинопольского патриарха "отложить, в каком почитании гетмана, старшину и все войско Запорожское иметь, и во всяких церковных делах писать к св. патриарху московскому, а к св. константинопольскому патриарху ни в чем не писать, и не посылать, причитания никакого к нему не иметь, под послушанием в него не быть, и из под его паствы, за разстоянием дальняго пути, совершенно отстать... А новоизбраннаго митрополита, для архипастырскаго рукоположения, отпустить в Москву".
Итак, царское правительство самочинно нарушило права константинопольского патриарха относительно украинской Церкви, стремясь подчинить ее московской патриархии.
В скором времени он добился своего. 8 ноября 1685 p. прошли выборы киевского митрополита. Им стал єпископ Гедеон. На собрание прибыло много посланцев, среди которых выделялись генеральный есаул И. Мазепа и переяславський полковник Л. Полуботок. Именно они активно поддерживали действия гетмана. Представителей духовенства насчитывалось маловато: не приехали значительные лица во главе с архиепископом Л. Барановичем. Вообще церковные правила запрещают проведение выборов при отсутствии такого количества лиц высшего духовенства, но их усе-таки провели.
Украинское духовенство сразу попробовало опротестовать легитимность такого избрания. Даже Самойлович стремился кое-что смягчить когда не самую суть события, то хотя бы ее форму. Он посоветовал сюзерену "упросить" константинопольского патриарха, чтобы тот "отступил" украинскую Церковь. Однако было уже слишком поздно. После тридцати двух лет относительной самостоятельности (1654-1686 pp.) Церковь как на Левобережье, так и на Слобожанщине постепенно оказалась в сетях царизма.
В октябре месяцы 1685 г. выехал новоизбранный митрополит Гедеон к Москве за благословением. Посвята состоялась 8 ноября в Успенском соборе, в присутствии царей. После посвяти митрополит Гедеон получил в грудные месяцы две грамоты — от царей Ивана, Петра и царевны Софии и от патриарха. Цари утвердили большинство стариков прав Украинской Церкви. Грамота патриарха имеет уже другой характер - он о правах Киевского митрополита промолчал, но уже сразу попробовал поставить Гедеона на положение обычного митрополита, он приказал ему, «совета единочества с протчими российскими митрополитами», носить белого клобука, чего до тех пор в практике Украинской Церкви не было. Кроме этого, митрополит зовет Гедеона «митрополитом Киевским, и Галицким, и Малыя России», тогда как в титуле украинских митрополитов испокон века было: «и всея России...»