И Рифм-католическая, и униатская церковь канонически подчинялись Апостольскому Престолу и потому сохраняли определенную автономию от государства. Римская церковь имела на Правобережье три єпархйй-диєцезий: Луцку, Киевскую и Каменец-Подольскую, а также митрополию в Галиции. Диєцезий состояли из деканатов, управляемых деканами; те - из приходов. Рифм-католические епископы назначались королем и утверждались Апостольской Столицей. Они пользовались юридическим иммунитетом, были польскими сенаторами, заседали в сеймах, имели заступникив-суфраганив и наступникив-коад'юторив. Прихода обнимали священники (плебани, пробощи, прелаты). Действовало около 20 монашеских орденов. Духовенство ведало, кроме духовных, имущественными и гражданскими делами, в частности вопросами налога на церковь (десятину), наследования, дариння, контроля за образованием, книгопечатанием и т.п..
Иерархия униатской церкви с XVIII ст. приближалась к Рифм-католической (епископы, покровител-викарии, коад'ютори, деканы, игумены монастырей, священники). Епархии (Владимирская, Луцко-Острожская, Львивсько-Галицько-Кам'янецька, Холмська, Перемишльська) делились на деканаты. Руководил церковью митрополит, предназначенный властью и утвержденный Римом. Ведущую роль в униатской церкви отыгрывали ченци-василиани, объединенные, по западному образцу, в единый орден-конгрегацию.
Рифм-католическое духовенство и униатский єпископат походили преимущественно из польской или спольщеной шляхты; униатское - большей мерой из украинцев. Католические церкви были большими землевладельцами: они получали доходы из имений, церковной десятины, пожертвований и платы за требы.