В значительной мере, особенно напочатку, уния внедрялась и поддерживалась путем давления, насилия со стороны католических властей, а также польских и спольщених украинских помещиков, униатских епископов и духовенства. Поэтому крестьянско-казацкие восстания против социального и национального угнетения, против попыток уничтожить православную церковь проходили под лозунгом борьбы за казацкие вольности и защиту православной веры. Когда казаки, которые находились в Прусий, узнали, что существует замысел «привести всех их из греческой веры в унию», они заявили: «Все мы, сколько нас не является в польском войске в Прусах, для защиты нашей святой веры готу пролить нашу кровь...». Итак, униатские планы короля не осуществились: собор, который был созван для решения этого вопроса, не состоялся. Православную веру было сохранено благодаря вмешательству казаков и протесту киевских мирян.
Борьба против унии не прекращалась. Безрезультатные восстания 1637—1638 гг. укрепили в широких народных массах на Украине осознание необходимости единения с единоверными и единокровными народами, которое мало большое значение для успешного проведения освободительной войны 1648—1654 гг. Развертыванию народно-освободительной борьбы на Правобережной Украине, подъему национального сознания народных масс оказывала содействие также всевозрастающая роль Киева.
В разосланных в мае 1648 г. воззваниях гетмана Богдана Хмельницкого тоже звучал призыв к тем, кому «мыла вера благочестивая, поляками в унию обратная», бороться против унии, сплачиваться вокруг народного вождя «на добрых конях, с исправным оружием безотлагательно и встать мужественно и безбоязненно; при всемогущей помощи Божьей, против своих грабителей, угнетателей и супостатов». Уния для Б.Хмельницкого, который хорошо понимал ее конечную цель, разделял нетерпимое отношение к ней значительной части украинского народа, была изменой веры и народа, его свободы и святыни ради покоя и выгод вероотступников.
Освободительная война 1648—1654 гг. нанесла довольно ощутимого удара по унии — униатская церковная организация фактически распалась. Она исподволь восстанавливалась только на тех украинских землях, которые остались под властью феодальной Польши. Так, согласно Андрусивським договору 1667 г., Правобережная Украина, кроме Киева, перешла под власть шляхетськой Польши, которая обязалась не ограничивать «греческо-русскую» религию.
Тильки на Галиции, на Волыни и Подолье польская власть была относительно крепкой, однако и здесь уния не приобретает значительное распространение до конца XVII ст. Например, Перемишльська епархия переходит к унии в 1692 г., Львовская -в 1700 г., Луцка -в 1702 г. На 1720 г. униатская церковь в Польши имела в своему составе также Холмську, Полоцку и Пинску епархии.