Секуляризация послужила причиной политической оппозиционности католического духовенства и монашества, которые приняли участие в польских восстаниях 1830—1831 и 1863 pp. В 1832 г. на Правобережье было закрыто 61 католический монастырь и полностью зликвидований василианський орден; их имущество передавалось Православной церкви или конфисковувалося. Отменялись католические праздники, ограничивались богослужение.
Соединение униатских церквей на Правобережье с православной церковью
В конце XVIII ст. униатская церковь состояла из четырех епархий: Брестской, Виленськой, Полоцькой и Луцкой. Руководила униатской церковью, как и раньше, рифм-католическая коллегия, которая имела униатский департамент. Членом этого департамента был протоиерей Йосиф Семашко, какой пруд одним из выдающихся деятелей воссоединения униатов с православием. Убеждение в истинности православия восточной церкви привели его к желанию служить делу единения. В 1829 г. Йосиф Семашко стал епископом Мстиславським, а в 1833г.- правящим епископом Литовским и Брестским.
В феврале 1834 г. на совещании епископов во главе с митрополитом ухвалено проводить одинаковые богослужения в униатских храмах, и обеспечивать священикив обеих епархий православными служебниками и книгами молитвенных пений, напечатанными в Москве, установить в храмах иконостасы, а в алтарях — престолы. Епископы утвердили решение всячески возрождать восточные богослужебные обряды, по возможности отказываться от униатских обычаев.
В марте 1838 г. єпископ Йосиф Семашко был предназначен главой Греко-униатской коллегии. Еще в декабре 1837 г. он подал записку о необходимости воссоединения униатской церкви с православной церковью. В результате его деятельности Греко-униатская коллегия перешла у подчинение Священного Синода.
12 февраля 1839 г., в Воскресенье православия, в Полоцке єпископ Литовский Йосиф, его викарий єпископ Брестский Антоний, єпископ Оршанський Василий и другие высшие представители униатского духовенства подписали соборное постановление о воссоединении униатской церкви с православной. Священный Синод на заседаниях 6 и 13 марта постановил «епископов, священство и духовную паству Греко-униатской церкви принять у общение с православной и к неделимому составу церкви Всероссийской». Греко-униатская коллегия была названа Белорусско-Литовской. Главой ее стал архиєпископ Литовский Йосиф, которого было возведено в сан архиепископа.
Таким был конец Брестской унии в Белоруссии, Литве, на Волыни и Подолье.
Судьба Греко-католической церкви на Холмщине и Пидляшши
После ликвидации унии в белорусско-литовских епархиях Брестская уния в пределах России осталась только на Холмщине. Униатское духовенство, которое прибыло на Холмщину из Галиции, начало постепенное очищение богослужебного обряда от посторонних приложений и изменений, содействуя его возвращению к восточному церковному Уставу. В 1875 г. духовенство и верующий народ, греко-униаты Холмщины соединились с русской православной церковью.
После этого Брестская уния осталась только в Галиции, которая после первого деления Польши в 1772 г. отошла от Австро-Венгрии.
Викоринення униатства на Правобережье, замена его на государственное русское православие стали факторами денационализации украинского населения. В 40- 60-х годах количество рифм-католических монастырей и костелов было уменьшено к «штатному» минимуму, сдачу закрыли или передали православному духовенству. Рифм-католическая церковь превратилась на ограниченную в правах и экономических возможностях огосударствленную структуру, управляемую из Петербурга.