Митрополит С. Коссив умер 13 апреля 1657 г. Но теперь Богдан мало доверял Москве, а потому, он не спешил сообщать Москву о смерти Коссова, считая вопрос выбора митрополита своим внутренним делом. Не сообщая Москву, Богдан сам назначил мистоблюстителем Киевской митрополии Черниговского епископа Лазаря Барановича и назначил выборы нового митрополита на 15 августа 1657 г. Но Богдан Большой не дождался этих выборов — он умер 27 июля. Москва сразу же начала уже агитацию за подданство Украинской Церкви под власть Москвы. Когда 4 августа того года высшее киевское духовенство было у московского воеводы Андрея Бутурлина, то воевода начал подговаривать их «всякими мэрами за большим подкрепленьем, чтобы они великаго государя милости поискали, и направляюсь свою правду к большому государю совершенно показали, и были бы под послушанием и благословением св. Никона, патриарха Московского» и чтобы они митрополита не избирали, а написали об этом царю. Мистоблюститель Л. Баранович коротко ответил на это, что милости царской он всегда рад, только должен это дело первое обсудить с духовенством.
Иван Виговський, который стал гетманом, в октябре он сообщил воеводу, что выборы Киевского митрополита состоятся за давними украинскими правами, а не по царскому приказу, а о выбранном лице Москву будет сообщено. Выборы нового митрополита состоялись 6 декабря 1657 г. — выбрали епископа Луцкого Дионисия Балабана, кандидата гетмана Виговського. О выборах нового митрополита гетман даже не сообщил Москву. Симпатии Балабана были на стороне Польши, как и гетмана Виговського, а потому он принимал участие и в Гадяцький условии.
Тем не менее польские симпатии Виговського не были милыми широким массам, и Виговський скоро через это потерял власть. На его место избрано Юрия Хмельницкого, который вынужденный был снова мириться с Москвой. И на Переяславський Раде 1659 г. князь Трубецкой, пользуясь замешаниной среди украинского правительства, хитростью провел вот такое постановление (будто пункт еще Богдана Большого): «А митрополиту Киевскому, также и иным духовным Малый России, быть под благословением св. патриарха Московскаго и всея Большой и Малыя и Белыя России; а в права духовные св. патриарх не будет вступать». Духовенство против такого постановления решительно запротестовало. Забеспокоилась и самая старшина, и уже в грудные того же года посланцы хлопотали в Москве об отмене дополнительных пунктов. Но царь упрямо стоял на своему и утвердил Переяславську постановление.
На этой же основе князь Трубецкой своей грамотой назначил епископа Лазаря Барановича мистоблюстителем Киевской митрополии, так как митрополит Балабан вынужденный был тогда втекать от москвинив.