10 мая 1663 г. умер изгнанник из своей митрополии митрополит Дионисий Балабан. Высшее киевское духовенство старалось посадить на Киевскую митрополию свой человека, далекий от московских влияний. Тем не менее в тот же время новым гетманом стал московский ставленник Брюховецький.
Патриарх Царгородський по просьбе Москвы снял свою анафему из епископа Мефодия, и киевское духовенство вынужденное было таки признавать Филимоновича мистоблюстителем. Но дело снова скоро запуталось, так как на Правобережье украинцы избрали аж двух митрополитов — епископа Иосифа Тукальського и епископа Антония Винницького; король обеих их утвердил. Так появилось аж три претенденты на Киевскую митрополию; правда, украинского патриота епископа Тукальського польское правительство скоро подвергло заключению, и тот пробыл в тюрьме аж два года (1664 - 1666).
Московский собор 1666 г.
В конце 1666 г. состоялся московский Собор, на который пригласили восточных патриархов. Из украинцев прибыли только известные «слуги московские» - епископы Мефодий, Феодосий Углицький и Лазарь Баранович. Но Собор имел довольно дела с патриархом Никоном, а вопрос Украинской Церкви затронули только частично. На Соборе было зачитано перехваченное письмо Никона к Царгородського патриарха, в котором Никон осуждал вмешательство Церкви Московской к делам Церкви Украинской; например, постановка Мефодия Филимоновича он назвал неканоническим. Но дело об Украинской Церкви не могла быть решаемая Собором, так как на нем не было представителя от Царгородського Патриарха.