В западных областях Украины из сентября 1939г. Церковь также была отдана на поталу атеистическому государству. Было закрыто все религиозные учебные заведения, прекратилось издание религиозных книг и журналов. В школах запрещены преподавание религии. Столицу Львовской архидиєцезий перенесено к Любачова одновременно с вынужденным отъездом в 1946г. к Польше архиепископа Евгения БАЗЯКА (1944-1962гг.) и большого количества духовенства, монахов и монахинь. В то же время был арестованный Луцкий єпископ Адольф ШЕЛЬОНЖЕК. Состоянием на 1945г. в Льве было 17 римско-католических святынь, 12 мужских и 22 женских монастыре, а в 1946г. осталось только 4 костела и 6 священикив.
На протяжении 1948-1953гг. 2-вследствие й волны репрессий количество римско-католических священников в Украине уменьшилась с 50 до 25. Немало священников отправляли Мессу возле закрытой двери храмов, ведь уничтожению подлежали не только лица и структуры Церкви, репрессий испытать и католические храмы. Свыше 30 костелов Львова имели огромную ценность также как архитектурные памятки, но на протяжении 1939-1946гг. их превратили в составы, магазины, спортзалы, кинотеатры, клубы, билетную кассу, концертный зал, тюрьму, и даже на музей атеизма. В 1947г. осталось лишь 3 действующих храмы - катедра, костел св. Антония и костел св. Марии-Магдалины (закрытый в 1962г.). В эти костелы приходили также католики восточного обряда (после т.н. Львовского собора 1946г. унию было ликвидировано, а Греко-Католическую Церковь насильно присоединена к Русской Православной Церкви).
Много священикив перешли у подполье. Они работали на государственных предприятиях, а в свободное время продолжали тайную душпастирську работу под угрозой постоянных преследований.
В частности, с 1948г. душпастирське служение для уцелевших от репрессий католиков в пределах СССР выполнял парох Львовской катедри о. Рафаил КЕРНИЦЬКИЙ, которого 16.01.1991г. Папа Йоан Павло ИИ назначил Львовским епископом-помощником.