Благодаря мужеству духовенства, поддержке мирян и вере в лучшие времена Церковь в Украине выстояла. 16 января 1991г. Папа Йоан Павло ИИ восстановил деятельность римско-католических диєцезий в Украине и назначил епископов в Львови, Кам’янци-Подильському и Житомири. Украинское государство установило дипломатическое отношение с Ватиканом, и в 1992г. Папа назначил первым Апостольским Нунцием в Украине архиепископа Антонио ФРАНКО.
В 1993г. Йоан Павло ИИ создал Апостольську Администратуру Закарпаття во главе с архиепископом Антонио ФРАНКО, а в 1995г. назначил епископом-помощником в Закарпатье МАЙНЕКА, висвятивши его на епископа в Риме. В 1996г. Папа восстановил Луцьку диєцезию, назначив ее Апостольским Администратором Львовского митрополита архиепископа Мар’яна ЯВОРСЬКОГО. В 1997г. єпископом-ординариєм в Закарпатье стал Антал МАЙНЕК.
1998г. Папа назначил Львовского епископа-помощника Маркиана ТРОФИМ’ЯКА Луцким єпископом-ординариєм, а Каменец-Подольского епископа-помощника Станислава ПАДЕВСЬКОГО – Львовским епископом-помощником. В 1999г. архиєпископ Никола ЕТЕРОВИЧ стал следующим (вторым) Апостольским Нунцием в Украине.
С 22 по 25 марта 1999г. состоялся первый в истории Украины визит украинских епископов ‘к апостольским порогам’, во время которого епископы имели возможность спивслужити Йоану Павлу ИИ во время Мессы, общаться с Папой во время аудиенции. Визит в Ватикан укрепил положение 5 диєцезий Украины в лоне Вселенской Церкви.
Год 2001-и был особым для Римско-Католической Церкви в Украине, это год 10-празднование риччя возрождения ее деятельности. Начался он из радостных событий: 28 января 2001г. Папа Йоан Павло ИИ поднял Львивського митрополита архиєпископа Мар’яна ЯВОРСЬКОГО до гидности кардинала. Одновременно стал кардиналом глава Украинской Греко-Католической Церкви Любомир ГУЗАР. Таким образом, впервые в истории Украина имеет своих кардиналов, а Львов – единый город в мире, в котором находятся сразу два кардиналы.