На протяжении короткого советского довоенного периода 1939-1941 pp. Украинская греко-католическая церковь (УГКЦ), возглавляемая митрополитом А. Шептицьким, сохранила свои структуры. Вхождение в состав большой страны породило даже проекты євангелизацийной миссии восточнее. Тем не менее репрессии, которые начались под флагом «классовой борьбы», вызвали оппозицию власти и послужили причиной дальнейшую участия духовенства и верных УГКЦ в национально-освободительном движении. Это определило послевоенное уничтожение церковных структур.
В декабре 1944 p., после изгнания гитлеровцев из украинских земель, греко-католическая делегация на" лбе с архимандритом Климентием Шептицьким была принята в Москве. Греко-католикам обещали обеспечить нормальные условия деятельности; от них даже взяли 100 тыс. крб. в фонд Красного Креста. Тем не менее уже в марте 1945 г. отношение власти к УГКЦ изменилось: ее объявили «агентом Ватикана — защитника фашизма». Противодействие «гегемонистическим стремлением католицизма» предусматривала ликвидацию униатства. Почти весь католический^-католический-греко-католический єпископат во главе с митрополитом Иосифом Слепым был репрессирован, сотни священников и монахов арестованы за трафаретным обвинением в «измене Родины».
В атмосфере террора в марте 1946 г. было организованно Львовский собор. Решение его отрабатывали заведомо в государственных инстанциях. Присутствуют на соборе 2 епископа, 214 клириков и 19 мирян проголосовали за отмену унии 1596 г. Роль «могильника» Украинской греко-католической церкви должно было выполнить московское православие, огосударствления которого началось в 1943 г. Греко-католические приходы были объявлены православными, а храмы закрыты или переданы Русской православной церкви. Тем не менее, даже за официальными данными, 22 % духовенства не перешли у православия; фактически таких было больше. Часть греко-католиков оказалась в эмиграции. Там начала действовать Украинская католическая церковь (УКЦ), возглавленная митрополитом Й. Слепым, а с 1984 г. — архиепископом Мирославом Иваном, кардиналом Любачивським (с 1985 p.). Постепенно из «остатков униатства» за поддержки Апостольского Престола и УКЦ в Украине формировались подпольные структуры Украинской греко-католической церкви. Висвячувалися епископы и священники, действовали монашеские ячейки, домовые церкви. Изобличение греко-католических богослужений заканчивались штрафами и криминальными наказаниями.
Греко-католическая церковь в составе двух ветвей — УКЦ за границей и «катакомбной» УГКЦ в Украине на протяжении 60— 80-х лет старалась определить свой канонический и догматически-культовый статус в составе Вселенской (Католической) церкви. Речь шла о самоуправляемости церкви и ее верность схиднохристиянським обрядовым традициям. Путь к этому был открыт II Ватиканским собором и принятием на нем декрета «О Восточных Католических Церквях», который подтверждал церковные традиции восточных униатских церквей и патриаршие права их предстоятелив. В двух выступлениях митрополита Слепца на заседаниях собора обосновывалась необходимость создания автономного Кийвсько-Галицького патриархата. Для этого в диаспоре была образована Конференция украинских католических епископов. Тем не менее претензии УКЦ на самоуправление и создание патриархата натолкнулись на сопротивление ватиканских кругов, в частности Конгрегации восточных церквей, которая традиционно контролировала жизнь украинских греко-католиков. Ватикан считал неуместным предоставление УКЦ самостоятельности, поскольку это раздражило бы Московский патриархат и московскую власть. В конце 70-х лет возникшая напряженность между руководством УКЦ и ватиканскими структурами. Проявлением ее стало самочинное и демонстративное принятия Й. Слепым патриаршего титула. Конфликт откликнулся в «катакомбной» УГКЦ в Украине: часть духовенства поддержала автономистские стремления Й. Слепого, сдача считала их нарушением дисциплины. Эта проблема есть актуальной и ныне: руководство УГКЦ в Украине, не делая ударение на идее патриархата, все же считает свою церковь церковью отдельного, «поместного» права.
Основанием для споров стали также давние расхождения между «пуристами» — защитниками чистоты восточного обряда и «западниками» — приверженцами латинизации обряда и церковного устройства. «Пуристы» (представители орденов студитив, редемптористив и состоящего в браке духовенства) во главе с известным деятелем «катакомбной церкви» архиепископом В. Стернюком поддержали Й. Слепого. «Западники», которых репрезентовали латинизированные ченци-василиани и неженатые священники - «целибисти», стояли за централизацию, практикующуюся в Римской церкви.
В 1987—1988 pp., 1000-перед литтям крещение Движении, движение за восстановление УГКЦ активизировался. Действовал Комитет защиты УГКЦ, вышла из подполье иерархия. Многочисленные массовые акции (богослужение, манифестации), обращение к государственной власти и международным организациям заставили власть заявить о регистрации общин греко-католиков. После 40-летнего «катакомбного существования» УГКЦ восстановила свои структуры. На начало 1991 г. на Львовщине было 907 приходов, Ивано-Франкивщини - 375, Тернопольщине - 392, на Закарпатье - 127.