1 января 1919 г. Директория провозгласила автокефалию (самостоятельность) Украинской православной церкви, однако война воспрепятствовала ее созданию. Всеукраинский православный церковный совет (существовала с 1917 г.) 14 октября 1921 г. созвала Всеукраинский православный церковный собор в Киеве, который утвердил автокефалию и избрал Василия Липкивського митрополитом Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ).
Новая церковь быстро возрастала: 1927 г. она имела 34 епископа, почти 11 тыс. священикив, 2800 приходов и 6-7 мглы прихожан. Тем не менее большинство верующих осталось в лоне Русской православной церкви. Служба в УАПЦ правилась на украинском языке вместо церковнославянской. Были упразднены традиционные рясы, длинный волосы и бороды. Епископам разрешалось вступать в брак. Управление церковью было демократичнишим, чем в РПЦ. Важным признаком УАПЦ была соборноправнисть, т.е. активная роль мирян в управлении церковью. Патриарх Московский и всия Движении Тихон объявил УАПЦ незаконной, поэтому заграничные патриархи отказались ее признать. Зато к ней присоединились православные украинцы из диаспоры.
УАПЦ критически относилась к советской власти, вызвав этим преследование. Сначала власть старалась разложить церковь изнутри, поддерживая раскольнические церковные организации. В 1924 г. появилась "Деятельная Христовая церковь" (ДХЦ), главой какой стал Михаил Мороз, а ячейкой — Михайловский монастырь в Киеве. Со временем ей передали некоторые храмы УАПЦ, но ДХЦ оказалась бессильной и ликвидировалась 1927 г. В 1925 г. возникшая "Соборно-епископальная церковь" под проводом Феофила Булдовського. Она, как и УАПЦ, отстаивала украинскую церковную независимость, но была лояльнишою к советской власти.
Вместе с тем развернулась широкая "атеистическая пропаганда", которая сводилась к высмеиванию религии и богохульства, которое обижало и отталкивало верующих. Много храмов было закрыто и даже разрушено. Во второй 20-половине х лет разогнали монахов Киево-Печерской лавры, а игумена Гермогена Голубинського арестовали. Самую Лавру в скором времени превратили в антирелигиозный музей.
В конце 20-х лет власть перешла в открытое наступление на УАПЦ: па украинские приходы наложили крайне тяжелые налоги, ограниченно свободу передвижения епископов. В октябре 1927 г. 2-и Всеукраинский церковный собор под давлением Государственного политического управления (наследника ЧК) отстранил митрополита Василия Липкивського, которого сразу арестовали за обвинением в украинском национализме. Новым митрополитом стал Николай Борецький. Церковь существовала еще некоторое время, но судьба ее уже была решена.
Новые общины Украинской Автокефальной Православной Церкви начали появляться на Западной Украине в августе 1989 года после выхода из-под юрисдикции РПЦ настоятеля храма св. ап. Петра и Павла в Льве Владимира Еремы и присоединения к автокефальному движению одного из епископов РПЦ Ивана (Боднарчука).
Распространение автокефалии в Украине происходило не только в противостоянии с Московским патриархатом, но и в острой конкуренции с возрождением Украйнськой Греко-Католицькой Церкви и за поддержки Православных Церквей украинской диаспоры в Северной Америке.
Один из єрархив этих диспорных Церквей Мстислав (Скрипник) был провозглашенный Главой УАПЦ, а в июне 1990 года на соборе этой Церкви он был избран Патриархом Киевским и всей Руси-Украйни. В 1993 году его преемником стал Димитрий (Ерема), после смерти которого в 2000 году его изменил митрополит Мефодий (Кудряков) из Тернополя, который теперь является Главой УАПЦ в Украине.
И хотя УАПЦ пока что не имеет официального признания Православных Церквей других стран, она уже немало сделала для признания ее канонического статуса. По этой причине в Церквях УАПЦ во время служб поминается имя митрополита Константина - Главы канонически признанной Украинской Православной Церкви в США (под юрисдикцией Константинопильського патриархата).